Moyen-âge et début de l'époque moderne
Le Moyen Âge et le début de l'époque moderne sont certainement les périodes qui ont fait l'objet du plus grand nombre d'opérations récentes, tant en milieu urbain qu'en milieu rural, en alliant souvent études et relevés de bâti avec sondages ou fouilles du sous-sol.
Des sites de nature très diverse ont ainsi été abordés :
- Châteaux de Laxaga à Ostabat, de Rocafort à Saint-Martin-d'Arberoue et de Jaureguia à Espelette.
- Maison forte de Laustania à Ispoure.
- Chapelles d'Apat Ospital à Saint-Jean-le-Vieux et de Sainte Madeleine d'Otxans à Ustaritz.
- Bâtiment urbain de la Prison des Evêques à Saint-Jean-Pied-de-Port.
- Maison noble de Hauranne à Bayonne.
- Maisons rurales de Capilia à Ahaxe et de Pagoileta à Larceveau.
A Bayonne, plusieurs opérations de fouille et de surveillance de travaux sur l'emprise des anciennes Casernes de la Nive ont permis de retracer l'urbanisation progressive du quartier du Petit Bayonne à partir du le XIIe siècle, avec d'une part la mise en place et le renforcement du système défensif de cette partie de la ville et d'autre part l'implantation des ordres religieux (Cordeliers et Clarisses).
